ÖZET

Amaç:

Meme kanseri kadınlarda yeni tanı alan kanserlerin %29’unu oluşturmakla birlikte, tüm kanser türleri içerisinde mortalite riski en yüksek kanser türüdür. Bu çalışmada ailesel meme kanseri olgularında geleneksel DNA dizileme yöntemi kullanılarak BRCA1 ve BRCA2 mutasyonu saptanmış bireylerin DNA örnekleri, mikrodizin ve yeni nesil dizileme yöntemleri ile analiz edilmiş ve tüm bu yöntemlerin tanıdaki başarıları karşılaştırılmıştır.

Yöntem:

Çalışmamıza BRCA1 mutasyonuna sahip yedi, BRCA2 mutasyonuna sahip bir hasta ve iki kontrol dahil edilmiştir. Mikrodizin yöntemi için tüm örnekler GeneChip 3000 Scanner (Affymetrix) sisteminde çalışılmış, ardından Affymetrix GeneChip Resequencing Analysis Software (GSEQ® v4.0) sisteminde analiz edilmiştir. Hasta grubundan dört hasta yeni nesil dizileme için seçilmiş ve GS Junior 454 (Roche, Prague, Czech Republic) sisteminde çalışılmıştır. Yeni nesil dizileme çalışmasının sonuçları ise SeqPilot SeqNext module (v4.0, JSI medical systems, Kippenheim, Germany) sisteminde analiz edilmiştir.

Sonuç:

Çalışmamızda yeni nesil dizileme yönteminin BRCA1/BRCA2 genlerinde görülen mutasyonları yakalamada, geleneksel DNA dizileme yöntemi kadar başarılı olduğunu göstermiştir. Yine de yeni nesil dizileme yöntemi homopolimer diziler sebebiyle yanlış pozitif sonuçlar verebileceğinden, bu yöntemle elde edilen sonuçların geleneksel yöntemle doğrulanması gerekmektedir.

Bulgular:

Hasta grubunda daha önce tespit edilmiş mutasyonlar mikrodizin analizinde saptanmamıştır, fakat yeni nesil dizileme yöntemiyle çalışılan dört hastanın dördünde de daha önce belirlenmiş olan mutasyonlar tespit edilmiştir.